Clinicamente o tracoma é dividido em duas fases: Fase ativa (inicial) e Fase cicatricial (tardia).
Na fase ativa, que acontece principalmente na infância, o tracoma aparece em forma de conjuntivite folicular crônica e recorrente que se estende por toda a conjuntiva, principalmente a tarsal superior. Os casos intensos apresentam hipertrofia papilar e infiltração inflamatória.
A reação conjuntival com a presença de folículos característica na infecção por clamídia não é observada nos recém-nascidos e lactentes.