A expressão clínica do tracoma resulta da combinação de diferentes fatores, são eles: agente etiológico, suas reinfecções, a resposta do hospedeiro, infecções bacterianas secundárias superpostas e repetidas, além dos fatores ambientais (em regiões áridas e secas: o vento, a poeira e a areia), que podem causar trauma e irritação na conjuntiva, influenciando na manifestação da doença.
A inflamação conjuntival pode causar destruição de células conjuntivais importantes na produção da lágrima, deixando os olhos secos e agravando o quadro ocular.